本件発明の新規性及び進歩性、特に他の特許（甲1、甲4、甲5）との相違点及び一致点、明確性要件の適合性が争点となった。
特許権の存続期間延長に関する判断、特許請求の範囲における「緩衝剤の量」の解釈、及び医薬品の製造販売行為が特許発明の実施に該当するかどうか。
本願補正発明の進歩性、特に引用発明との相違点の認定や技術常識の解釈に関する争い。
本願発明と引用発明の相違点、特に接着剤の充填による絶縁の実現可能性とその容易想到性が争点となった。
特許発明が既存技術に基づき容易に発明できたかどうか、特に相違点の重要性と進歩性が焦点となった。
特許権の存続期間延長登録出願における特許発明の実施要件、特に緩衝剤の量の解釈及びその実施の有無が争点となった。
特許法に基づく補正の目的要件と新規事項の追加に関する判断が争点となっている。
訂正要件や記載要件（サポート要件、明確性要件）、進歩性に関する認定判断の誤りが争点となっている。
本件では、5-アミノレブリン酸リン酸塩の新規性と、引用文献における5-ALAホスフェートの記載及び製造方法の理解が争点となっている。特に、引用文献における5-ALAホスフェートの記載が本件発明の新規性に影響を与えるかどうかが焦点である。
原告が単独で訴えを提起したことが不適法であるか、また共同訴訟参加人の出訴期間の問題が訴訟に影響を与えるか。
特許の実施可能要件およびサポート要件の適合性、特に双極性障害に対する治療効果の技術常識の有無が争点となった。
本件の争点は、原告の発明が進歩性を有するかどうかであり、特に引用文献との相違点や容易想到性が問題となった。