特許の進歩性、実施可能性、サポート要件の適合性が争点となり、特に抗体の取得の容易性や特許請求の範囲の明確性が問題視された。
訂正要件の適合性、進歩性、記載要件に関する認定判断の誤りが争点となった。
商標の類似性、周知性、混同の可能性、商標法に基づく登録の適法性が争点となった。
特許の新規性が米国特許第6196951号に記載された発明と比較してどうか、特に「弓形」の形状や構造の相違点が進歩性に影響を与えるかが争点となった。
本件発明の新規性及び進歩性、特に他の特許（甲1、甲4、甲5）との相違点及び一致点、明確性要件の適合性が争点となった。
特許権の存続期間延長に関する判断、特許請求の範囲における「緩衝剤の量」の解釈、及び医薬品の製造販売行為が特許発明の実施に該当するかどうか。
本願補正発明の進歩性、特に引用発明との相違点の認定や技術常識の解釈に関する争い。
商標「五輪」の登録が商標法に基づく無効理由に該当するか、特に公益事業としての認定や識別力の有無が争点となった。
特許発明が既存技術に基づき容易に発明できたかどうか、特に相違点の重要性と進歩性が焦点となった。
本願発明と引用発明の相違点、特に接着剤の充填による絶縁の実現可能性とその容易想到性が争点となった。
本願商標「触らない施術」が役務の質を表示するものであるかどうか。商標が役務の質を表示するためには、取引者や需要者がその商標を見た際に役務の質を一般的に認識できることが必要であり、商標の構成や取引実情を考慮して判断される。
本願商標が商標法に該当するかどうか、特に識別力や周知性の有無が焦点となった。