特許権の存続期間延長登録出願における特許発明の実施要件、特に緩衝剤の量の解釈及びその実施の有無が争点となった。
特許法に基づく補正の目的要件と新規事項の追加に関する判断が争点となっている。
本件商標と引用商標の類似性、原告の商標の周知著名性、被告の不正目的の有無。
本件商標と引用商標の類似性、混同の可能性、商標法に基づく原告の主張の妥当性。
訂正要件や記載要件（サポート要件、明確性要件）、進歩性に関する認定判断の誤りが争点となっている。
本件では、5-アミノレブリン酸リン酸塩の新規性と、引用文献における5-ALAホスフェートの記載及び製造方法の理解が争点となっている。特に、引用文献における5-ALAホスフェートの記載が本件発明の新規性に影響を与えるかどうかが焦点である。
特許の実施可能要件およびサポート要件の適合性、特に双極性障害に対する治療効果の技術常識の有無が争点となった。
原告が単独で訴えを提起したことが不適法であるか、また共同訴訟参加人の出訴期間の問題が訴訟に影響を与えるか。
本件の争点は、原告の発明が進歩性を有するかどうかであり、特に引用文献との相違点や容易想到性が問題となった。
本件は商標「ＴＡＲＴ」と「ＪＵＬＩＵＳ ＴＡＲＴ ＯＰＴＩＣＡＬ」の類似性、周知性、及び商標法に基づく権利の有効性に関するものである。特に、両商標の外観、称呼、観念の違い、及び原告の商標の周知性が争点となった。
分割要件、実施可能要件、サポート要件の判断の正当性が争点となった。
特許の新規性と進歩性に関する判断の誤りが争点となっている。