特許の訂正要件、明確性、実施可能性、進歩性が争点となり、特に粒子サイズD90の定義や粉砕方法の不明確さが問題視された。
商標「アラゴシミカン」が他の商品と識別できるか、また商標が商品の品質を誤認させる可能性があるかどうか。
商標の使用の有無、指定商品との関係、書換登録の適切性、周辺機器の定義とその関連商品についての判断が争点となった。
特許の進歩性に関する判断の正当性が争点であり、特に原告が挙げた無効理由の妥当性が問われた。
商標「熟成鰻」の識別力の有無、商標法に基づく審決の適法性、商標が一般的な語句であるかどうか、及び他の役務との混同の可能性。
本件商標が商標法に該当するかどうか、特に類似性や混同の可能性について。
被告の不使用取消審判請求が権利の濫用に該当するかどうか、原告の商標権の有効性、商標の不使用に関する審判請求の適法性。
商標の類似性、周知性、混同の可能性、指定商品間の関連性についての判断が争点となった。
特許の新規性、進歩性、訂正の適法性、原告の請求人適格が主な争点となった。